Η Αθλητική Ένωση Βαθύλλου – Πανσαμιακού ιδρύθηκε τον Αύγουστο του 1999 από τη συγχώνευση των δύο ιστορικότερων και αρχαιότερων αθλητικών Σωματείων του Νομού Σάμου, τον Αθλητικό Σύλλογο Βαθύλλο και τον Πανσαμιακό Αθλητικό Σύλλογο.
Η συγχώνευση αποφασίσθηκε προκειμένου να αντιμετωπιστούν προβλήματα έμψυχου δυναμικού και διοικητικής στελέχωσης βάσει των δυνατοτήτων της τοπικής κοινωνίας.
Ο Αθλητικός Σύλλογος που έχει επικρατήσει μεταξύ των φιλάθλων να αποκαλείται ΒΑΘΥΛΛΟΣ, ιδρύθηκε το 1928 με έδρα το τότε Άνω Βαθύ.
Ήταν ο δεύτερος μετά τον ΠΑΝΣΑΜΙΑΚΟ αθλητικός Σύλλογος που ιδρύθηκε στη Σάμο επίσημα, δηλαδή με καταστατικό. Ο δε ΠΑΝΣΑΜΙΑΚΟΣ είχε ιδρυθεί το 1926.
Το έτος 1967 επιβλήθηκε από το δικτατορικό καθεστώς η συγχώνευση σε ένα Σωματείο όλων των αθλητικών Σωματείων που λειτουργούσαν στην περιοχή, δηλαδή ΠΑΝΣΑΜΙΑΚΟΣ,ΒΑΘΥΛΛΟΣ,ΛΥΚΟΥΡΓΟΣ, ΟΛΥΜΠΙΑΚΟΣ και από τη συγχώνευση προέκυψε το Σωματείο Α.Ο.ΣΑΜΟΥ το οποίο είχε βραχύβιο βίο.
Το 1968 ξαναλειτούργησε ο ΒΑΘΥΛΛΟΣ με νέο καταστατικό και επωνυμία ΑΘΛΗΤΙΚΟΣ ΟΜΙΛΟΣ ΒΑΘΕΩΣ λόγω απαγόρευσης από τη χούντα της ονομασίας ΒΑΘΥΛΛΟΣ.
Το 1977 τροποποιήθηκε το καταστατικό και επανήλθε η παλαιά ονομασία Αθλητικός Σύλλογος Βαθύλλος η οποία διατηρήθηκε μέχρι τη συγχώνευση το 1999.
Η έδρα του Σωματείου είναι το Δημοτικό Γήπεδο της πόλης της Σάμου.
ΔΙΟΙΚΗΤΙΚΟ ΣΥΜΒΟΥΛΙΟ
Το Δ.Σ. της Αθλητικής Ένωσης Βαθύλλου Πανσαμιακού αποτελείται από εννεαμελές συμβούλιο το οποίο έχει διετή θητεία. Εκλογές γίνονται βάση καταστατικού κάθε Ιούλιο του δεύτερου έτους θητείας του Δ.Σ.
Το Σωματείο διαθέτει τμήμα ανδρών, Κ16, Κ14, Κ12 και bambini.